De Nederlandse tak van Scientology staat al enige tijd in de belangstelling van de Belastingdienst en justitie. Na jarenlang getouwtrek over de vraag of Scientology recht heeft op belastingvoordeel heeft het gerechtshof beslist dat deze organisatie als kerkgenootschap moet worden aangemerkt. Scientology heeft nu als ANBI organisatie recht op belastingvoordeel. Tegen deze uitspraak is de Belastingdienst in cassatie gegaan. Ook binnen Europa blijven de meningen over hoe Scientology moet worden gezien, kerk of commercieel bedrijf, verdeeld. Het Parijse Hof van Cassatie 1986) zich schuldig maakt aan 'georganiseerde fraude'. Deze door de Franse overheid als sekte beschouwde club zou zwakkeren afpersen en uitbuiten. Het Hof legde boetes op en een paar medewerkers werd veroordeeld. Onlangs kocht de Nederlandse tak van Scientology een nieuw pand aan in Amsterdam omdat het oude pand veel te klein zou zijn geworden. Volgens critici en afvallige leden valt dat wel mee. Scientology Nederland zou een zieltogend bestaan leiden. Ook wordt door Scientology het ledenaantal bewust sterk overdreven, aldus de voormalige leden. Exacte cijfers zijn echter niet bekend. Kerk of religieuze sekte, maakt het wat uit?

Iedereen die openlijk kritiek heeft op de Scientology kerk wordt door het schimmige genootschap van Hubbard belaagd. Sinds Jenna Miscavige Hill een opzienbarend boek uitbracht over haar leven in de Scientology Church heeft Scientology de aanval geopend op de nicht van hun leider David Miscavige. Die leider is een van de beste vrienden van topacteur Tom Cruise, wellicht de bekendste Scientology-adept. Volgens Scientology klopt er helemaal niks van wat mevrouw Hill in haar boek beweert.